En la Iglesia Colegiata de Santa María, se concentran diferentes estilos desde su creación en el siglo XII hasta el siglo XIX periodo en el que se realizaron varias reformas, pudiendo contemplar detalles góticos hasta elementos neoclásicos. En su interior destaca el retablo mayor de estilo barroco (Siglo XVII y XVIII), el coro con una sillería de nogal (S. XV) o el órgano en buen estado de conservación y que data del siglo XVII. Declarada Bien de Interés Cultural desde 2001.
En el año 2012 comienzaron las obras para la recuperación de su claustro.
Junto a la Colegiata se encuentra un edificio del siglo XVI que originariamente albergaba al hospital "Sancti Spiritus" y que desde el año 2003 es sede del Museo de Arte Religioso de la Colegiata de Borja. En sus tres plantas se puede contemplar una grandiosa colección de obras, entre las que destacan las tablas góticas que componían el antiguo retablo mayor y que son obra de los hermanos Zahortiga en el año 1460.
El Convento de la Concepción es una bella muestra barroca del siglo XVII, en el se conserva una estupenda colección de arte sacro, destacando una imagen de la Inmaculada Concepción y un órgano barroco de Manuel de San Juan. Fue declarada Monumento Nacional en 1983.
En el Convento de Santa Clara reside la congregación de las hermanas franciscanas clarisas, y data del siglo XVII. Fue restaurada a principios del siglo XXI, en su interior se conservan retablos de Juan Ramírez de Arellano.
Junto a éste se encuentra la antigua parroquia de San Miguel, templo de estilo gótico-mudéjar, restaurada también en el siglo XXI. Actualmente acoge al Museo de Arqueología de la antigua ciudad ibero-romana de Bursau. Conserva restos de su torre mudéjar, el ábside románico así como la nave cubierta en madera. Esta catalogada como Patrimonio Cultural Aragonés desde el año 2002.
La iglesia de Santo Domingo, actual Auditorio Municipal, es una edificación barroca y antiguo convento de los dominicos fundado en 1636.
La iglesia parroquial de San Bartolomé templo del siglo XVII, aunque el actual edificio sustituyó al de origen medieval, conservándose la fachada barroca del siglo XVII.
En los alrededores, podemos citar la ermita del Santo Sepulcro, obra barroca del siglo XVIII que se encuentra en la carretera que conduce al Santuario de la Misericordia y que une las localidades de Borja y El Buste. En ella finalizaba el Vía Crucis que se iniciaba desde Borja.
Por último, la Ermita de San Jorge construcción del siglo XVII, a la que los borjanos acuden el día 23 de abril, festividad del patrón de Aragón, por la mañana a la celebración de la misa en honor al Santo y por la tarde a merendar la tradicional "culeca".