La patrona de la localidad es Nuestra Señora la Virgen de la Peana. Las fiestas en su honor se celebran el primer domingo de Mayo, caracterizándose por su carácter religioso. Los actos principales son la misa y ofrenda de flores que se celebra en la Colegiata de Santa María. La tarde del domingo, el Rosario de Cristal recorre las calles de Borja, seguido con gran devoción por los borjanos. Tanto los emblemas de los misterios gloriosos del rosario como la imagen de la Virgen son portados a hombros, ésta última en su gran peana.
Otras fiestas a destacar son las del barrio de San Bartolomé. Las celebraciones en honor al Santo, dan comienzo a las 10 de la mañana del día 24 de agosto, con un pasacalles conocido como "dance del roscón", interpretado por los "paloteadores", nombre por el que se conoce a los danzantes ya que cada uno porta dos palos de madera.
A las 12 del medio día, se representa el dance del “paloteao” en la Plaza del Olmo. En él intervienen personajes como el “Mayoral”, el “Rabadán” y “El Diablo” además de los danzantes que interpretan el dance conocido como “paloteao”. Otro de los personajes que intervienen es el del “Cipotegato".
El día siguiente, 25 de agosto, se realiza la romería al Santuario de Misericordia, donde se vuelven a tener lugar el pasacalles y los dances.
En la Semana Santa borjana, destaca sobre todo la procesión del Santo Entierro, más popularmente conocida como "El Entierro Cristo". Esta procesión tiene lugar la tarde del Viernes Santo, en ella el ejercito romano acompaña al arca bajo palio, que contiene una talla articulada y policromada del cuerpo de Cristo. La procesión culmina con la representación del Entierro, con el sellado del arca por el Centurión. Este acto tiene lugar en la plaza de España.
En las fechas cercanas al 21 de septiembre se celebran las Ferias y Fiestas, con una duración aproximada de 5 días. Estas fiestas tienen su origen en la feria de ganado que se celebraba antiguamente.
El día 23 de abril día de San Jorge, los borjanos acuden a la ermita del Santo, para celebrar la misa y por la tarde a merendar la tradicional “Culeca” (pan dulce de forma femenina, que contiene dos huevos duros y sujeta con una caña).
El día 16 de julio, el barrio del Carmen celebra las fiestas en honor a la Virgen, en las que la fuente pasa de manar agua a manar vino.
Otras fiestas que se celebran son San Antón y San Juan con sus tradicionales hogueras y las San Sebastián.